南京事件は小学校の社会科教科書でも取りあげられています。いま使用されている社会科教科書は東京書籍、教育出版、日本文京出版から発行され、令和九年まで使用されます。どれもが南京事件を取りあげ、つぎのように記述しています。
「中国の首都ナンキン（南京）を占領したとき、武器を捨てた兵士や、女性や子どもをふくむ多くの中国人が殺害された」「日本、ナンキン（南京）を占領 ナンキン事件が起こる」（東京書籍）
「日本軍は、首都ナンキンで、ほりょにした兵士や、多くの住民の命をうばいました。このことは、当時、日本の国民には知らされませんでした」（教育出版）
「日本軍は、占領したナンキンで、ほりょにした兵士をはじめ、多くの人々の生命を奪いました（ナンキン事件）。この事件は、外国に報じられ、非難を受けました」（日本文教出版）
日本の児童すべてが南京事件を教えこまれているのです。
この現状に対し「小学校社会科教科書を正す会」は、「事実を捻じ曲げ嘘を書く 小学校『社会科教科書』比較！」と題するパンフレットを作成し、配布しています。日本文教出版の記述に対しては「これが史実です」として次のような記述を求めています。
「日本軍は、占領したナンキンで、多くの市民の命を奪うどころか、国際法を守り正々堂々と多くの人々を助けたので、安全な所にいたドイツ人たちに褒められました。
また、国際法に違反したのは、中国の兵隊で、市民に変装して、日本の兵隊さんを襲って命を奪いました。そのような困難にもめげずに日本軍は、市民を助けて仲良くしました。多くの市民の命を奪ったとするのは、嘘の報道だと外国でも知られています。また、逃げ出した中国の兵隊の多くは、悲しいことに同じ中国の兵隊に撃たれ命を奪われました」